Các tiết độ sứ tại lãnh thổ Hậu Đường ban đầu đều chính thức quy phục Hậu Tấn Cao Tổ, tuy vậy Thiên Hùng tiết độ sứ Phạm Diên Quang lo sợ bị bãi chức, và cũng có mong muốn làm hoàng đế, do vậy định nổi dậy. Tháng 3 năm Đinh Dậu (937), nhận thấy Phạm Diên Quang định làm phản, Tang Duy Hàn thỉnh Hậu Tấn Cao Tổ dời đô đến Đại Lương, cho rằng nơi này thuận lợi về giao thông, phồn vinh, còn Lạc Dương rất nguy hiểm do gần thủ phủ của Thiên Hùng, Hậu Tấn Cao Tổ chấp thuận và dời Lạc Dương vào ngày Canh Thìn (27), tức 10 tháng 5.[15]

Sang tháng 6 ÂL, Phạm Diên Quang nổi dậy, Hậu Tấn Cao Tổ huy động binh sĩ trấn áp Phạm Diên Quang, các đạo quân chính nằm dưới quyền Thị vệ đô quân sứ Dương Quang Viễn và Hộ thánh đô chỉ huy sứ Đỗ Trọng Uy. Hậu Tấn rơi vào hỗn loạn một thời gian sau khi Phạm Diên Quang thuyết phục được tướng Hậu Tấn là Trương Tòng Tân nổi dậy tại Lạc Dương, Trương Tòng Tân còn giết đượch các hoàng tử của Hậu Tấn Cao Tổ là Thạch Trọng Tín (石重信) và Thạch Trọng Nghệ (石重乂). Binh sĩ của Dương Quang Viễn cũng cố thuyết phục chủ tướng nổi dậy, ủng hộ người này làm hoàng đế, song Dương Quang Viễn từ chối đề nghị này. Đỗ Trọng Uy nhanh chóng đánh bại Trương Tòng Tân, Phạm Diên Quang thấy tình thế bất lợi nên đề nghị đầu hàng. Ban đầu, Hậu Tấn Cao Tổ từ chối chấp thuận đầu hàng, song Dương Quang Viễn không thể nhanh chóng chiếm được thành Quảng Tấn. Đến thu năm 938, Hậu Tấn Cao Tổ chấp thuận cho Phạm Diên Quang đầu hàng, cuộc nổi dậy kết thúc.[15]

Tháng 8 âl, Hậu Tấn Cao Tổ thượng tôn hiệu cho Da Luật Đức Quang và Thuật Luật thái hậu của Khiết Đan, cho hai lão thần là Lưu Hú và Phùng Đạo làm sách lễ sứ. Thông qua sách lễ sứ, Hậu Tấn Cao Tổ phụng biểu xưng thần, gọi Da Luật Đức Quang là "phụ hoàng đế", mỗi khi sứ giả Khiết Đan đến, Hậu Tấn Cao Tổ đều bái thụ chiếu sắc ở biệt điện, mỗi năm dâng của cải cho Khiết Đan, ngoài ra còn tặng của cải cho thành viên hoàng thất các đại thần của Khiết Đan. Sau này, Hậu Tấn Cao Tổ còn xưng là "nhi hoàng đế" trong thư gửi đến hoàng đế Khiết Đan. Điều này khiến các quan viên và thường dân của Hậu Tấn thấy bị sỉ nhục, song Hậu Tấn và Khiết Đan hòa bình trong thời gian trị vì còn lại của Hậu Tấn Cao Tổ.[15]

Tháng 4 năm Canh Tý (940), khi Hậu Tấn Cao Tổ muốn thay thế An Viễn[c 24] tiết độ sứ Lý Kim Toàn (李金全) bằng tướng Mã Toàn Tiết (馬全節), Lý Kim Toàn nổi dậy và quy phục Nam Đường. Hoàng đế Nam Đường Lý Biện khiển tướng Lý Thừa Dụ (李承裕) đi cứu viện Lý Kim Toàn song mục đích là để hộ tống người này về Nam Đường, để lại An Viễn cho Hậu Tấn. Tuy nhiên, Lý Thừa Dụ bất tuân lệnh của Lý Biện, cố gắng giữ thành An châu, kết quả bị Mã Toàn Tiết đánh bại và xử tử. Lý Biện sau đó gửi thư cho Hậu Tấn Cao Tổ, giải thích rằng Lý Thừa Dụ bất tuân lệnh. Hậu Tấn và Nam Đường sau đó ở trong trạng thái hòa bình.[16]

Thành Đức tiết độ sứ An Trọng Vinh dự tính nổi dậy chống Hậu Tấn, liên minh với Sơn Nam Đông đạo[c 25] tiết độ sứ An Tòng Tiến. An Trọng Vinh cũng liên tục khiêu khích Khiết Đan khi chặn và giết sứ giả. Tháng 6 năm Tân Sửu (941), An Trọng Vinh thượng biểu xưng với Hậu Tấn Cao Tổ nói rằng Khiết Đan thường xuyên cướp phá, cần tập hợp lực lượng tấn công Khiết Đan nhằm đoạt lại lãnh thổ và dân cư mà Khiết Đan chiếm trước đó. Theo khuyến nghị của Thang Duy Hàn, Hậu Tấn Cao Tổ tiến về Quảng Tấn[c 26] nhằm chuẩn bị cho một chiến dịch chống An Trọng Vinh. Dự tính rằng An Tòng Tiến có thể nổi dậy khi mình rời khỏi Đại Lương, theo khuyến nghị của Hòa Ngưng, Hậu Tấn Cao Tổ để tụng tử là Thạch Trọng Quý lưu thủ Đại Lương.[16]

Tháng 11 âl, An Tòng Tiến nổi dậy, Thạch Trọng Quý cùng các quan viên cho Cao Hành Chu chỉ huy quân đội trấn áp. Hay tin, An Trọng Vinh cũng nổi dậy, Hậu Tấn Cao Tổ khiển Đỗ Trọng Uy đem quân đi trấn áp. Cao Hành Chu nhanh chóng đánh bại quân tiên phong của An Tròng Tiến, buộc An Tòng Tiến phải trở lại thủ phủ Tương châu của Sơn Nam Đông đạo. An Trọng Vinh ban đầu giành được thắng lợi trong giao tranh, song do bộ tướng Triệu Ngạn Chi cố đầu hàng quân triều đình nên quân Thành Đức tan rã, An Trọng Vinh phải chạy về thủ phủ Trấn châu.[16] Sang năm sau, một thuộc hạ của An Trọng Vinh mở cổng thành đầu hàng, quân triều đình tiến vào và giết An Trọng Vinh. (An Tòng Tiến bị đánh bại sau khi Hậu Tấn Cao Tổ mất.)[3]

Hậu Tấn Cao Tổ lâm bệnh, ông mệnh ấu tử An Trọng Duệ, con trai duy nhất còn sống của ông bái Phùng Đạo, muốn Phùng Đạo giúp An Trọng Duệ làm hoàng đế. Hậu Tấn Cao Tổ mất ngày Ất Sửu (13) tháng 6 (28 tháng 7). Tuy nhiên sau đó Phùng Đạo cùng Thị vệ mã bộ đô ngu hậu Cảnh Diên Quản thảo luận và cho rằng quốc gia cần một quân chủ nhiều tuổi hơn, vì vậy lập Thạch Trọng Quý làm người kế vị. Ngày Canh Dần (10) tháng 11 (20 tháng 12), táng Hậu Tấn Cao Tổ tại Hiển lăng.[3]